CIR et santé numérique : sécuriser vos algorithmes

Les acteurs de la santé numérique mobilisent le CIR pour financer leurs développements d’algorithmes et de logiciels médicaux. Un pré‑diagnostic spécifique permet de distinguer R&D, développement produit et maintenance afin de sécuriser le dispositif.

Publié le 2 mai 2026

Enjeux CIR pour la santé numérique

Les entreprises de santé numérique développent des solutions combinant logiciel, données cliniques et parfois dispositifs médicaux connectés. Le Crédit d’Impôt Recherche représente un levier essentiel pour financer :

  • des algorithmes d’analyse d’images médicales ;
  • des modèles prédictifs à partir de données cliniques ou omiques ;
  • des moteurs d’aide à la décision médicale intégrant de l’IA ;
  • des plateformes de télésurveillance ou de télémédecine innovantes.

La difficulté majeure consiste à démontrer que les travaux ne se limitent pas à du développement logiciel classique, mais qu’ils visent à lever des incertitudes scientifiques ou techniques au‑delà de l’état de l’art.

Qu’est‑ce qui est éligible côté algorithmes ?

Les guides officiels rappellent que les travaux doivent relever de la recherche fondamentale, appliquée ou du développement expérimental. Dans la santé numérique, cela peut recouvrir :

  • la conception d’architectures de modèles inédites ou significativement améliorées ;
  • la mise au point de méthodes d’annotation, de pré‑traitement ou de fusion de données complexes ;
  • l’adaptation d’algorithmes à des contraintes médicales fortes (robustesse, explicabilité, biais) ;
  • l’exploration d’approches nouvelles pour améliorer sensibilité, spécificité ou temps de calcul.

En revanche, sont généralement exclus du CIR :

  • l’intégration technique standard (APIs, front‑end, back‑end sans enjeu scientifique) ;
  • la maintenance corrective ou évolutive sans innovation ;
  • la simple migration technologique ou refonte d’interface ;
  • les tâches purement réglementaires (dossier marquage CE, documentation qualité).

Un pré‑diagnostic permet de trier finement les user stories et tâches de backlog entre R&D, développement produit et maintenance.

Structurer un pré‑diagnostic CIR pour la santé numérique

La démarche de pré‑diagnostic s’articule autour de plusieurs étapes clés :

  1. Inventaire des projets et fonctionnalités critiques

    • identification des modules comportant un enjeu scientifique ou technique ;
    • repérage des algorithmes, pipelines de données et briques IA concernés.

  2. Analyse de l’état de l’art

    • revue des méthodes existantes au lancement du projet ;
    • comparaison des performances, contraintes et limites ;
    • mise en évidence des écarts visés par le projet (verrous à lever).

  3. Qualification des travaux

    • classement des tâches en R&D éligible, non éligible ou zone grise ;
    • documentation de la démarche hypothèse‑tests, des expérimentations et itérations ;
    • recommandations pour mieux tracer les expériences (notebooks, logs, jeux de données).

  4. Pré‑cartographie des coûts

    • estimation des temps R&D par profil (data scientists, ingénieurs ML, développeurs back‑end impliqués dans la partie scientifique) ;
    • identification des prestations de sous‑traitance potentiellement éligibles ;
    • premiers calculs de l’assiette CIR associée.

Renforcer la traçabilité des travaux de R&D

Dans la santé numérique, la preuve de la R&D passe par une documentation structurée :

  • cahiers d’expériences (notebooks, wikis internes) décrivant hypothèses et protocoles ;
  • historiques de versions de modèles, hyperparamètres et jeux de données ;
  • comparaisons quantitatives avec des baselines reconnues ;
  • synthèses régulières des résultats et décisions de pivot ou d’abandon.

Le pré‑diagnostic met en évidence les manques (documentation éparse, absence de formalisation de l’état de l’art, confusion entre backlog produit et R&D) et propose des actions concrètes pour y remédier.

Sécuriser le CIR tout en préparant la mise sur le marché

Pour les acteurs de la santé numérique, l’enjeu est double :

  • financer au mieux les travaux de R&D tout en limitant le risque de remise en cause ultérieure ;
  • structurer une documentation qui servira aussi aux démarches réglementaires et aux partenaires.

En clarifiant le périmètre R&D, un pré‑diagnostic facilite le dialogue entre équipes techniques, médicales, qualité et finance, et prépare d’éventuels rescrits sur les points sensibles.

Les entreprises qui souhaitent cadrer rapidement leurs projets peuvent recourir à un service de pré‑diagnostic CIR spécialisé dans les sciences de la vie afin de disposer d’une analyse structurée et d’un plan d’actions pour sécuriser leurs prochaines déclarations.

Sources

  1. Guide du crédit d’impôt recherche 2024 (présentation et objectifs, dont identification des travaux de R&D éligibles et recommandations de justification) — enseignementsup-recherche.gouv.fr — 2024-01-01
  2. Guide du CIR 2023 (démarche scientifique, notion de verrous, contributions scientifiques et techniques) — enseignementsup-recherche.gouv.fr — 2023-10-01
  3. Fiche officielle « Le Crédit d’impôt recherche (CIR) » — enseignementsup-recherche.gouv.fr — 2018-01-01
  4. Doctrine BOFiP – BIC – Crédit d’impôt recherche – Taux applicables et modalités de détermination — bofip.impots.gouv.fr — 2025-08-13
  5. Présentation générale du Crédit d’impôt recherche (CIR) pour les entreprises — entreprises.gouv.fr — 2014-01-01
  6. Guide du CIR – focus agrément et exemples d’activités éligibles — enseignementsup-recherche.gouv.fr — 2024-03-01
  7. Dossier technique CIR et sécurisation – bonnes pratiques de structuration — winbids.fr — 2021-06-01
  8. Définition et rôle du dossier justificatif pour le CIR/CII — businove.com — 2023-01-01